为了不断提高行政事业单位内部管理水平，规范内部控制，加强廉政风险防控机制建设，2012年，财政部印发《行政事业单位内部控制规范（试行）》（财会〔2012〕21号），根据宜昌市卫生计生委有关文件精神，市直各医疗卫生单位应于2017年6月30日前完成内部控制建设。
为落实相关政策规定及文件精神，做好中心内部控制建设工作，中心成立了内部控制建设领导小组，制定了工作实施方案,各部门密切配合，按方案积极推进内部控制建设各项工作。通过内部控制建设，中心完善了内部控制建设组织机构，明确了经济活动关键岗位控制要求，梳理再造了经济活动业务流程，开展了内部控制基础性评价和风险评估，编制完成《宜昌市疾病预防控制中心内部控制手册》，梳理确定了42个有关内部控制制度。《宜昌市疾病预防控制中心内部控制手册》从2017年7月1日起生效实施,标志着中心内部控制建设取得阶段性成果。
在内部控制建设过程中，中心将推进全面质量管理与内部控制建设相结合，把现代质量管理基本原则如管理的系统方法、领导作用、全员参与、过程方法、持续改进等融入到内部控制建设中。中心由熟悉体系建设的质量管理科牵头组织实施，将内部控制建设作为一项重要体系建设，实现管理的系统方法；中心主任徐勇和党委书记李晓雯担任领导小组组长,充分发挥领导者作用；中心全体人员参与廉政风险点排查，涉及内部控制各职能部门全部参与内控基础评价和内控手册编制，做到全员参与；以绘制各项经济活动流程图和分析控制关键节点为抓手贯彻过程方法…….下一步中心将本着持续改进原则,不断提高内部控制体系的适应性、充分性、有效性，将内部控制信息化建设纳入中心信息化建设总体规划，提高公共资金使用效率，降低廉政风险，为提高疾病预防控制和健康管理服务水平提供有力保障。